公元2642年，一个正在建设的超级电磁武器网络发生故障并且爆炸，造成了全球性的毁灭性事故，80%的地球人口丧生。大量调查的结果发现这次事故并不是以外，而是我们的异型战争英雄Bill一手策划的。该调查报告同时也指出Bill的前战友Lance为了阻止Bill的恶行，被Bill亲手杀害了， Bill被判了1万年 (冷冻服刑...)。公元2647年，一个叫做血隼的高度军事化的组织开始发动了很多无目标的暴力破坏行动，而动机却不得而知。由于该组织有非常尖端的科技和生化武器，让人不由得不想起了多年前给人类带来梦魇的异型和红隼集团。官方罩不住这个组织，便派遣当年被曼德拉博士策划制造的生化士兵鲁西亚(Lucia)，(在博士死亡以后被政府接管该计划，政府觉得这个方案很不错，决定完成Lucia, 不过这次不是用来从事邪恶的目的)。Lucia被政府指派提前9995年出放出Bill, 并作为其搭档, 以毒攻毒，以暴制暴消灭血隼集团。然而事情的发展却出乎了大家的意料...发现原来5年前兰斯是被搞死的，比尔也是被陷害的，而原因居然是以前所有的魂斗罗战争都是不正义的，所谓的异型，都是被地球人拿走了Relic过来讨公道的高级文明遗留下来保留Relic的守卫，兰斯为了让这个秘密不被掩埋植入了异型存活了下来，并且正是血隼的领导人......
声明一点：本人英文水平一般，如有翻译不妥之处请见谅!也希望有英文好的朋友指出不妥的地方，谢谢~
下面是第一关结束后的剧情：
Lucia:You must be the commander!
露西亚：你一定就是司令官!
Bill:There's no escape. Surrender now.
比尔：你逃不了了。立刻投降。
Commander:Hmm, Bill Rizer. I didn't think that the Triumvirate were so desperate to send you in. Pathetic old fools!
司令官：嗯~，比尔·雷泽。我认为三巨头不会如此孤注一掷地派你来。可怜的老傻瓜!
Bill:What? Who are you?
比尔：什么?你是谁?
Commander:Hah, locked up so long that he doesn't even recognize me.
司令官：哈，被关得太久以至于他都不认识我了。(司令官转过身来。。。)
Bill:! e!
比尔：!。。。兰斯!
Lucia:Lance? The hero? The one from the Alien War, that Lance?
露西亚：兰斯?那个英雄?那场外星人战争中的，那个兰斯?
Bill:But, but that's not possible. I saw you die!
比尔：但是，那不可能。我看见你死了!
Lance:That's right. But,as you can see, I've returned from the dead. I'm here to cleanse this place of all sinners, with the flames of judgment!
兰斯：是的。不过，如你所见，我已经从死亡中回来了。我来这里清除这地方所有的罪人，用裁决的火焰!
Bill:What?! Lance, do you really believe what you're saying?
比尔：什么?兰斯，你真的确信你在说什么吗?
Lance:Hmph. Poor Bill, you're the one without a clue. But the true reality would be beyond comprehension of a meregrunt like you.
兰斯：哼。愚蠢的比尔，你就是个没头绪的家伙。然而真正的事实是像你这样的杂兵难以理解的。
Bill:.........
比尔：。。。。。。。。。
Lance:Well. it's just as well...I'll let you go this time, for old time's sake. But 't expect any mercy from me next time. Farewell!
兰斯：好吧。没有关系。。。这次我会让你走，看在过去的份儿上。但是记住。。。别期望下次我会有任何仁慈。再会!
(兰斯消失。。。)
Bill:L-Lance! Wait!
比尔：兰——兰斯!等等!
(6 years ago...)
(六年前。。。)(比尔的回忆。。。)
Bill:Lance! Hang on, Lance!
比尔：兰斯!坚持住，兰斯!
Lance:...?
兰斯：啊。。。比尔。。。?(伤得很重)
Bill:Damn it! Who got you?
比尔：可恶!谁干的?
Lance:...
兰斯：啊。。。啊。。。
Bill:Hold on, I'll get the medic!
比尔：坚持住，我去找医疗队!
Lance:Bill, wait!
兰斯：比尔，等等!
Bill:...?
比尔：。。。?
Lance:Watch 're !
兰斯：小心。。。我们只不过是。。。他们用。。。啊。。。噶啊!
Bill:Lance!
比尔：兰斯!
Lance:............
兰斯：。。。。。。。。。。。。
Bill:Lance? Quit joking e! Laaaance!!
比尔：兰斯?别开玩笑。。。兰斯!兰——斯——!!
(回忆结束。。。)
Bill: happened to you?
比尔：兰斯。。。你怎么了?
Lucia:Bill...
露西亚：比尔。。。